Евреи появились в древней Дакии еще в I веке нашей эры и проживали главным образом в городах. Документ от 1574 года устанавливает факт проживания евреев в Молдове во время правления Романа I (1391–1394) и Александра Доброго (1401–1433).

Накануне германо-румынского вторжения в Бессарабии проживало более 250 000 евреев. Многие из них были депортированы в лагеря в Приднестровье, где десятки тысяч погибли от рук немецких и румынских сил.

В 1992 году в Молдове вспыхнула гражданская война, которая привела к разделению страны на две части: Республику Молдова к западу от реки Днестр и самопровозглашенную Приднестровскую Молдавскую Республику к востоку от реки. Российские и израильские организации осуществляли эвакуацию еврейского населения.

Еврейская Община Республики Молдова входит в состав Евро-Азиатского Еврейского Конгресса и Всемирного Еврейского Конгресса. Действует соглашение о сотрудничестве с Федерацией Еврейских Общин Румынии и Американским Еврейским Комитетом. Поддерживаются тесные связи с Российским Еврейским Конгрессом и партнерские отношения с международными еврейскими организациями и фондами.

Еврейская Община Республики Молдова была создана в 1997 году. Она является преемником Республиканского Общества Еврейской Культуры, основанного в 1989 году. В состав организации входят все еврейские общины и организации Республики, включая региональные общины Бельц, Оргеева, Сорок, Бендер, Тирасполя, Григориополя, Дубоссар, Рыбницы.

В Кишиневе функционирует еврейская образовательная воскресная школа JFuture, специальный проект Евро-Азиатского Еврейского Конгресса.